Tuanku Syed Sirajuddin merupakan anakanda kedua daripada 10 putera dan puteri Almarhum Tuanku Syed Putra Jamallulail dan Almarhumah Tengku Budriah Tengku Ismail.

Baginda mempunyai salasilah keluarga yang berhubung dengan Nabi Muhammad SAW dari sebelah ayahanda baginda serta mempunyai darah keturunan Sultan Pattani dari sebelah bonda baginda.

Tuanku Syed Sirajuddin mendapat pendidikan awal di Sekolah Melayu Arau (sehingga darjah dua) sebelum berpindah ke Sekolah Rendah Wellesley Pulau Pinang kemudian ke Sekolah Rendah Westland Pulau Pinang dan Penang Free School sebelum melanjutkan pelajaran ke WellingboroughPublic School, England sehingga 1963.

Baginda telah menuntut di Akademi Tentera Diraja Sandhurst, England mulai Januari 1964 sehingga tahun 1965 dan merupakan peminat kelab bolasepak Inggeris, Tottenham Hotspur.